Après des études aux Universités de Lausanne et de Fribourg-en-Brisgau (Allemagne), Alain Cortat a travaillé dans un programme du FNS à l'Université de Neuchâtel et à l'Institut l'homme et le temps de La Chaux-de-Fonds. Il a ensuite été collaborateur scientifique à la Commission indépendante d'experts : Suisse-Seconde Guerre mondiale (Commission Bergier). Il a travaillé une année à l'Université de Harvard à Cambridge, Massachusetts, USA, en 1999-2000. En 2004, il a obtenu une bourse de la Fondation Gerold et Niklaus Schnitter pour l'histoire des techniques de l'EPFZ. Il a été maître de conférence invité en 2005 à l'Université de Technologie de Belfort-Montbéliard (France) et chargé de cours en 2006-2007 à l'Université de Fribourg et collaborateur scientifique et chargé d'enseignement à l'Université de Neuchâtel de 2010 à 2014. Il dirige plusieurs collections aux Editions Alphil, dont il est le directeur. Ses domaines de recherche sont l'histoire industrielle et économique. Il a été lauréat du prix d'études postdoctorales de la Fondation Anne et Robert Bloch et du Prix Bachelin 2013.

Il a publié plusieurs livres en histoire économique, notamment une histoire de l'entreprise Condor (Condor. Cycles, motocyles et construction mécanique, 1890-1980. Innovation, diversification et profits), une histoire des apprentissages dans l'horlogerie (Apprendre l'horlogerie dans les Montagnes neuchâteloises, 1740-1810), dans le cadre de son travail à la Commission Bergier, il a co-publié une histoire de la place financière et des banques suisses à l'époque du national-socialisme. Il a aussi publié une histoire de vie, un récit de François Xavier Gressot, un artisan et négociant (1783-1868). Enfin, avec le collectif l'Atelier H, il a été éditeur du livre : Ego-histoires. Ecrire l'histoire en Suisse Romande. Il est aussi l'auteur d'un livre qui analyse le fonctionnement et les effets de cartels dans l'organisation et la stratégie d'entreprises, intitulé Un cartel parfait et qui résulte de sa thèse de doctorat. Il a publié avec un groupe de chercheurs, un livre consacré à l'histoire des cartels en Suisse : Contribution à une histoire des cartels en Suisse.